Koentsyymi, välillä käytetään nimitystä orgaaninen kofaktori, on yhdiste, joka muodostaa entsyymin sitoutumalla entsyymin proteiiniosaan. Silloin muodostuu toimiva ja aktiivinen entsyymi. Koentsyymi on usein vitamiini, vitamiinin typpinen yhdiste tai hivenaine. Koentsyymit osallistuvat entsyymien reaktioihin kulumatta itse reaktioissa.

Kofaktorin ero koentsyymiin on yhteydestä riippuen orgaanisuudessa. Kun sitoutuva yhdiste on hivenaine, kuten sinkki, kupari tai rauta, niin puhutaan kofaktorista. Jos se on orgaaninen, kuten vitamiini, niin puhutaan koentsyymistä - mutta usein käytetään kaikista yleisnimitystä koentsyymi.